「祈りの場」として、二つの空間があります。いずれも日中開放されており、個人で自由に祈ることができます（行事などにより使用中のこともあります）。

• 聖ルカ礼拝堂（旧館2階チャペル）
  
• トイスラーホール（本館2階チャペル）
  

＊聖路加助産院内にも小さな祈りの部屋、「ナザレ」と「ベツレヘム」があります。